L'habitat prioritaire "herbier de Posidonies" (1120) :
Il est assez bien connu (cartographies et suivi de zones identifiées) mais continu de faire l'objet de nombreuses études. il est décliné en un seul habitat élémentaire : l'herbier à Posidonie (1120-1).
L'habitat "récifs" (1170) :
Il comprend tous les fonds rocheux depuis la frange littorale en surface jusqu'au coralligène, qui se développe jusqu'à -70m sur le site. Cet habitat est représenté par cinq habitats élémentaires : la roche supralittorale (1170-10), la roche médiolittorale supérieure (1170-11) et inférieure (1170-12), la roche infralittorale à algues photophiles (1170-13), le coralligène (1170-14).
L'habitat grottes marines submergées ou semi-submergées (8330) :
Il comprend 3 habitats élémentaires : la biocénose des « grottes médiolittorales » (8330-2), la biocénose des "grottes semi-obscures" (8330-3) et celle des "grottes obscures" (8330-4), avec sur la Côte Bleue les 2 dernières grottes obscures de taille importante connues jusqu'en Catalogne.
L'habitat « bancs de sables à faible couverture permanente d'eau marine » (1110) :
Il est représenté par cinq habitats élémentaires sur la Côte Bleue : les sables fins de haut niveau (1110-5), les sables fins bien calibrés (1110-6), les sables grossiers et fins graviers sous l'influence des courants de fonds (1110-7), les sables grossiers et fins graviers brassés par les vagues (1110-8), les galets infralittoraux (1110-9).
L'habitat « replats boueux ou sableux exondés à marée basse » (1140) :
Il est présent sur les plages (laisse de mer et banquettes de Posidonies) et qui est représenté par quatre habitats élémentaires : les sables supralittoraux avec ou sans laisses à dessiccation rapide (1140-7), les laisses à dessiccation lente dans l'étage supralittoral (1140-8), les sables médiolittoraux (1140-9), les sédiments détritiques médiolittoraux (1140-10).
L'habitat « Grande criques et baies peu profondes » (1160) :
Sur le site Côte Bleue Marine, il n'est représenté que par l'habitat élémentaire des sables vaseux de mode calmes (1160-3).