Annexe II de la Directive Habitat : espèces animales et végétales d'intérêt communautaire dont la conservation nécessite la désignation de zones spéciales de conservation (ZSC)
Reptile - Tortue Caouanne (Caretta caretta) : espèce prioritaire*, code Natura : 1224
La Tortue Caouanne est la plus commune des 3 
tortues marines fréquentant la Méditerranée. Pouvant mesurer 1,50 m, elle se reproduit sur les plages sableuses de Méditerranée centrale et orientale. Quelques individus ont été observés sur la Côte Bleue et une femelle de 15 ans (longeur de 53,7 cm pour un poids de 20,2 kg) a été relâchée dans la réserve du Cap-Couronne le 16 juin 2010. Baptisée "Marie-Tima", elle a été équipée d'une balise Argos et fait l'objet d'un suivi par satellite (trajet visible sur le site du CESTMED : https://www.cestmed.org/
* Une espèce est dites prioritaire quand son état de conservation est préoccupant et pour laquelle un effort particulier doit être engagé.
Mammifère - Grand Dauphin (Tursiops truncatus), code Natura : 1349
Le Grand Dauphin atteint une taille de 3,50 m et vit en 
petit troupeau (2 à 6 individus), mais des rassemblements atteignant 200 dauphins ont été observés par les pêcheurs de Carro. Le Grand Dauphin fréquente généralement les eaux du large, mais peut-être observé plus occasionnellement près des côtes. La Côte Bleue a accueilli des "dauphins ambassadeurs" : au printemps 1987, une jeune femelle baptisée "Fanny" s'installe au voisinage de la bouée des Arnettes et va rester une année, rejointe en mars 1988 par une seconde dauphine "Marine".
Dans le cadre de Natura 2000, le Parc Marin de la Côte Bleue a mis en place des fiches d'observation durant l'été 2010 afin de recueillir certaines données, notamment sur la localisation du Grand Dauphin et des autres cétacés. Les données du Parc Marin sur les échouages de cétacés, analysées depuis 2003, montrent que le Grand Dauphin représente moins de 20% des échouages sur la Côte Bleue.
Annexe IV de la Directive Habitat : espèces animales et végétales présentant un intérêt communautaire et nécessitant une protection stricte
Mammifères - Cétacés
Hormis le Grand Dauphin, tous les autres Cétacés susceptibles d'être rencontrés en Méditerranée sont inscrits dans l'annexe IV. Sur la Côte Bleue, les mammifères marins ne sont que de passage au large, mais 8 espèces ont été observées de manière sporadique : Dauphin bleu-et-blanc (Stenella coeruleoalba), Dauphin commun (Delphinus delphis), Dauphin de Risso (Grampus griseus), Rorqual commun (Balaenoptera physalus), Globicéphale noir (Globicephala melas), Cachalot (Physeter macrocephalus).
A noter une observation du très rare Rorqual à museau pointu, Balaenoptera acutorostrata (échouage en 2008 sur la Côte Bleue, seulement le 6ième exemplaire connu en Méditerranée).
Très récemment le 13 juin 2011, une jeune baleine à bosse (Megaptera novaeangliae) de 7,4 m pour 3,2 tonnes s'est échouée à Carry-le-Rouet. c'est une espèce extrêmement rare en Méditerranée mais relativement commune dans tous les océans du globe. Cette espèce n'a fait l'objet que d'une vingtaine d'observations en mer sur l'ensemble de la Méditerranée et c'est seulement le 2ième échouage connu en Méditerranée française, après celui de Cavalaire-sur-Mer en 1993. Pour en savoir plus sur les cétacés, vous pouvez consulter les sites Internet du GECEM (https://www.gecem.org/) et du CRMM (https://crmm.univ-lr.fr/)
Mollusque - Grande Nacre (Pinna nobilis)
La grande Nacre est le plus grand
coquillage de Méditerranée, et peut atteindre 1 m de hauteur. si les nacres adultes sont assez rares sur la Côte Bleue, les jeunes individus sont bien représentés, notamment dans l'anse de Bonnieu (160 nacres recensées par le Parc Marin, avec une hauteur moyenne 17 cm, variant entre 6 et 24 cm). Cette concentration importante (plus de 3 nacres par 100 m²) semble être liée à un épisode de recrutement particulièrement efficace, enregistré à l'échelle de la façade méditerranéenne française. Ce pic dans le recrutement pourrait correspondre à l'anomalie thermique enregistrée en 2006, avec des températures plus élevées. Des inventaires ont également eu lieu dans la réserve de Carry-le-Rouet en 2009 avec 27 individus recensés, d'une hauteur moyenne de 25 cm, variant de 10 à 40 cm.
Mollusque - Datte de mer (Lithophaga lithophaga)
La Datte de mer est une espèce 
endémique de laMéditerranée. elle peut atteindre 8 à 11 cm de longueur. Elle vit directement dans les roches calcaires où elle perce des galeries avec ses sécrétions acides, d'où son nom de "mangeuse de pierre" (en grec, litho=pierre et phagos=se nourrir). Sur la Côte Bleue, la datte de mer est particulièrement abondante et omniprésente sur l'ensemble des fonds rocheux, à toutes les tranches de profondeurs.
Echinoderme - Oursin diadème (Centrostephanus longispinus)
L'oursin diadème possède de longs piquants mobiles pouvant
atteindre 15 cm. C'est une espèce à affinité d'eaux chaudes. Il est donc rare sur la Côte Bleue et seuls quelques individus sont signalés par les plongeurs. Cet oursin est solitaire et reste blotti dans des cavités rocheuses d'où il ne sort que la nuit. Il est également très sédentaire (un individu est resté pendant 5 ans dans un territoire de 2 m de rayon).
Annexe V de la Directive Habitat : espèces animales et végétales présentant un intérêt communautaire, dont le prélèvement dans la nature ou l'exploitation sont susceptibles de faire l'objet de mesures de gestion
Cnidaire - Corail rouge (Corallium rubrum)
Le Corail rouge est omniprésent sur la Côte Bleue, dans les fonds coralligènes et les enclaves à grottes semi-obscures, avec certains faciès remarquables et des densités élevées. les tailles des colonies sont généralement moyennes (5 à 10 cm de hauteur), mais présentent sur de nombreux sites un développement en branches relativement épaisses. Le corail fait l'objet d'un suivi régulier depuis 1998 par le Parc Marin, notamment dans la réserve marine de Carry-le-Rouet (programme Medchange et thèse du Centre d'Océanologie de Marseille).
Même s'il est exploité depuis l'antiquité, le corail n'est pas une espèce en danger car la taille de reproduction est atteinte dès 3 cm, et ces colonies ne sont pas pêchées à de si petites tailles. Les populations des deux réserves marines de la Côte Bleue sont les seules protégées en région PACA et se distinguent d'ores et déjà par des tailles moyennes de colonies plus importantes qu'en zones ouvertes à la pêche.
La tolérance thermique du Corail rouge se révèle très faible, et la principale menace pour cette espèce dans la bande infralittorale estreprésentée par le réchauffement des eaux et les anomalies thermiques comme celles qui ont été constatées en 1999, 2003 et 2006.
Crustacé - Grande Cigale (Scyllarides latus)
Cousine de la Langouste, elle peut atteindre 45 cm de longueur. La 
Grande Cigale est rare sur la Côte Bleue car c'est une espèce plutôt méridionale à affinité d'eaux chaudes. Néanmoins, dans le contexte actuel du réchauffement climatique, on l'observe plus fréquemment. Ainsi, pour la seule année 2010, 3 grandes cigales ont été capturées par les pêcheurs professionnels et remises au Parc Marin pour être relâchées dans les réserves, après avoir été pesées et mesurées.
Algue - Algue rouge calcaire (Lithothamnion coralloides)
Une espèce d'algue est concernée par Natura 2000 : il s'agit de Lithothamnion coralloides, algue rouge calcaire. A noter que les algues de la frange littorale Cystoseira amentacea var. stricta et Lithophyllum byssoides sont également concernées par la démarche Natura 2000, mais en tant qu'habitats et non en tant qu'espèces (Cf. rubrique habitats).